直腸腔道給藥又稱直腸灌注，是一種完全無痛、微創的臭氧全身給藥的現代臭氧療法，應在排便或灌腸后進行，治療時通過導管將臭氧和氧氣的混合物引入結腸，臭氧有助于消除炎癥，并且殺死細菌、病毒、寄生蟲和酵母菌等病原體，它可以幫助恢復健康的腸道菌群。部分臭氧被結腸壁吸收，所產生的氧化副產物如ROS(活性氧物質)和LOP(脂質氧化產物)可以通過門靜脈進入肝臟，與臭氧大自血回輸療法具有同樣的治療效果，且更容易被兒童、老年人及大自血療法靜脈穿刺困難等患者所接受。

通過直腸灌注，超過80%的臭氧可以被身體吸收，但應該注意使用這種方法的臭氧劑量，建議一次不要引入超過500毫升的臭氧以防止結腸破裂。